Чолпон Джакупова родилась 25 марта 1959 года в селе Стрельниково Чуйской области. В 1982-м окончила Московский государственный университет имени Михаила Ломоносова по специальности "история".

Трудовую деятельность начала в 1983 году преподавателем в Кыргызском государственном университете.

• 1983–1984 — преподаватель кафедры истории КПСС гуманитарного факультета КГУ.
• 1983–1986 — окончила аспирантуру по специальности "история КПСС".
• 1986–1995 — преподаватель кафедры истории КПСС, а затем кафедры политической истории гуманитарных факультетов КГУ.
• 1995–1999 — директор Государственного департамента по миграции населения при Министерстве труда и социальной защиты КР.
• 1999–2002 — заместитель директора ОФ "Региональный центр по вопросам миграции и беженцев".
• 2002–2015 — учредитель и директор ОФ "Правовая клиника "Адилет"

С октября 2015 года являлась депутатом Жогорку Кенеша шестого созыва от фракции "Бир Бол". С 1 января 2017 года она отказалась от этой должности из-за несогласия с поправками в Конституцию страны.

Кандидат исторических наук, автор двух монографий, семи учебных пособий и девяти сборников по правам человека.

Вдова, мать двоих сыновей.